Da Per Hove Thomsen startede i sin funktion i et nyoprettet professorat var faget børne- og ungdomspsykiatri forskningsmæssigt og klinisk meget lille. Han var i mange år den eneste professor i børne- og ungdomspsykiatri i Danmark. Det har for ham været spændende at være en del af den udvikling og ekspansion, der er sket inden for området såvel klinisk som forskningsmæssigt.

Per er læge og forsvarede i 1996 sin doktordisputats om langtidsforløbet hos børn og unge med OCD (svære tvangstanker og handlinger). Han har været med til efterfølgende at starte det store nordiske behandlingsstudie hos børn og unge, som har vakt international bevågenhed og sat Aarhus på landkortet og givet nye indsigter i vores forståelse og behandling af svære tvangstanker og handlinger hos børn og unge. ADHD er et andet af Pers egne prioriterede forskningsområder. Her fokuserer hans forskning primært på tidlig indsats og behandling.

Per er leder af forskningsenheden ved Børne- og Ungdomspsykiatrisk Afdeling, som desuden forsker i blandt andet spiseforstyrrelser, autisme, tics og Tourettes syndrom som funktionelle lidelser, herunder både hvorledes vi skal forstå tilstandene, som forskning i tidlig indsats, farmakologisk og non-farmakologisk behandling og neuropsykologi.

Formidling af forskningsresultater og faglig viden har Per prioriteret højt. Foruden sine videnskabelige publikationer har Per udgivet en række bøger om børne- og ungdomspsykiatri til et bredere publikum. Ved at formidle forskningens resultater er Per med til at sikre en åben, demokratisk dialog om forskningen og skaber et vidensgrundlag for befolkningen.

Per har modtaget flere priser for sin formidling og er udnævnt ridder af Dannebrog. Han er børne- og ungdomspsykiatrisk redaktør for tidsskriftet Nordic Journal of Psychiatry og associeret redaktør på Journal of Child Psychology and Psychiatry. Han var i perioden 2014-18 viceinstitutleder for Institut for medicin og koordinerende lærestolsprofessor i psykiatri, Aarhus Universitet.